BPK Perwakilan Labuan Bajo didirikan sebagai bagian dari upaya Badan Pemeriksa Keuangan Republik Indonesia (BPK RI) untuk memperluas jangkauan pemeriksaan pengelolaan keuangan negara di wilayah Nusa Tenggara Timur, khususnya Kabupaten Manggarai Barat dan sekitarnya. Kehadirannya merupakan bagian dari amanat konstitusi dalam Pasal 23E UUD 1945 serta Undang-Undang Nomor 15 Tahun 2006 tentang BPK, yang menegaskan bahwa BPK bertanggung jawab untuk memeriksa seluruh pengelolaan keuangan negara secara independen dan profesional.
Pembentukan BPK Labuan Bajo dilatarbelakangi oleh kebutuhan untuk meningkatkan efektivitas pengawasan keuangan di daerah yang memiliki pertumbuhan ekonomi dan potensi pariwisata yang signifikan, termasuk kawasan wisata premium Labuan Bajo. Dengan kehadiran BPK di wilayah ini, pemeriksaan keuangan negara di tingkat pemerintah daerah dapat dilakukan secara lebih komprehensif, efisien, dan mendalam.
Sejak awal operasinya, BPK Labuan Bajo telah melaksanakan berbagai tugas pemeriksaan, termasuk audit laporan keuangan pemerintah daerah, audit kinerja, dan pemeriksaan dengan tujuan tertentu untuk memastikan penggunaan anggaran yang sesuai dengan peraturan perundang-undangan.
Dalam perjalanan sejarahnya, BPK Labuan Bajo terus meningkatkan kapasitas dan kompetensi tim pemeriksa melalui pelatihan dan kerja sama dengan berbagai lembaga. Hasil pemeriksaan yang dihasilkan menjadi dasar perbaikan tata kelola keuangan di wilayah Manggarai Barat, mendukung terciptanya pemerintahan yang transparan dan akuntabel.
BPK Labuan Bajo tetap berkomitmen untuk menjalankan tugas dengan integritas, independensi, dan profesionalisme, guna memastikan bahwa pengelolaan keuangan negara di daerah tersebut digunakan untuk kemakmuran masyarakat dan pembangunan yang berkelanjutan.